身体にとって有害なものや不要なものを体外に排出する
そもそも人間の身体というものは、自分自身を守る為の自己防御本能の一部である、
『身体にとって有害なものや不要なものを体外に排出する』
といった機能がありますので、
基本的に合成物を身体が受け付けず、そのほとんどを排出してしまうともいわれています。
さまざまな学説
『天然由来の栄養素でなければ、細胞にある受容体(レセプター)が異物(合成物)とみなし、受け付けないため、その栄養素は体内で機能をしない。』
という旨の説もありますし、
個人差により、ある天然ものの物質に対し耐性がある場合でも、
それと同じ化学構造を持っている合成された物質に対しては、敏感な反応(アレルギーその他)を引き起こす場合があり得るらしいです。